学院目前有信息与计算科学、统计学、应用统计学、应用物理学、光电信息科学与工程5个本科专业和数学、统计学2个一级硕士学位点和生物物理学二级硕士点。学院设有信息与计算科学系、统计系、应用物理系、光电信息科学与工程系，和高等数学教学部、大学物理实验中心两个公共教学部门。研究机构设有国际联合光子技术研发中心、中国少数民族数据中心、民族地区自然资源开发与利用研究中心、数学教育研究所。
理学院学院拥有一支热爱民族教育事业，具有良好的师德和奉献精神、丰富的教学经验和较强的科研能力的高素质师资队伍，教职工共74人，专业教师64人，其中具有高级职称的42人，硕士生导师33人，具有博士学位的46人，海外留学归国人员10人。形成了“少数民族人口研究” 、“光电技术开发”、“民族地区理科义务教育研究”、“民族地区自然资源开发与利用”、“微分方程”5个创新研究团队。目前承担 “973”、国家自然科学基金、国家社科基金、教育部、人事部、国家民委等纵向研究项目40余项，每年发表学术论文近百篇。
学院坚持以为少数民族地区和少数民族培养具有创新精神和创新能力的高素质的理科人才为己任，努力改革教学内容，创新课程体系和教学方式，注重学生的专业知识、实践能力、科学文化素质等各方面的综合协调发展。自1978年至2012年，学院为全国各地民族地区培养了5000多名毕业生，生源遍布全国各地，民族成份达40多个。近年来，理学院本科生考取研究生继续深造的比例接近40%，就业学生超过一半在北京地区择业发展。
2013年，理学院将招收信息与计算科学、统计学、应用统计学、应用物理学、光电信息科学与工程5个专业本科生220人，数学、统计学、生物物理学方向研究生23人。
理学院网址：http://lxy.muc.edu.cn
院训：穷究于理，成就于民族教育事业。